Tres años después de que comenzara la guerra, Mahito Maki pierde a su madre en un trágico incendio en el hospital. Poco después, su padre se casa con Natsuko, la hermana menor de la madre de Mahito. Sacan a Mahito de Tokio para buscar refugio en la casa rural de la familia de su difunta madre. Allí, Mahito es constantemente acosado por una extraña garza gris, que parece haberse interesado por él.
Incapaz de aceptar su pérdida y luchando por adaptarse a una nueva vida en un lugar desconocido, el niño se sorprende al descubrir que Natsuko está embarazada. Para empeorar las cosas, la molesta garza puede hablar y afirma que la madre de Mahito todavía está viva. Lo atrae hacia una misteriosa torre cerca de la residencia, y la garza dice que Mahito puede salvarla de la muerte, pero el niño no se deja convencer fácilmente.
Sin embargo, cuando Natsuko desaparece un día, Mahito la ve entrar en la torre y se siente obligado a aventurarse a rescatarla. Pronto se encuentra cayendo en otro mundo debajo del suyo, donde la vida y la muerte parecen estar entrelazadas. Mientras navega por este reino extraño para encontrar a Natsuko, Mahito debe entender lo que significa vivir si quiere regresar a salvo a casa.
